どことなくなんとなく

研究の息抜きに綴る適当な文章

潜在能力

MacOSXは根幹がUnixです。

なので、Unixのアプリケーションがそのまま動きます。

これは、生物の研究をする上で、実はとても大きなアドバンテージです。

なぜならば、Unixの世界には生物の研究をぐんと能率的にしてくれるソフトが無料で大量に存在しているからです。

これを利用しない手は無い。

ところが私はUnixはさっぱり分からないので、今までこの財産を使うことは叶いませんでした。

いつまでもこのままじゃ勿体ないなー、と思いつつも。

それで今日、一念発起してチャレンジしてみました。

これを使いたかったんですよ。

Phred, Phrap, Consed

高機能なDNA配列解析ソフトです。

買うと数十万する機能なんですが、Unixが分かれば無料で使うことが出来ます。

そんなわけで、まずは環境構築。

今日インストールしたもの。

Xcode

X11

Fink

これらでUnix環境と、ソースコードコンパイルできる環境を整えました。

さらに、生物研究用ツールの詰め合わせ的意味合いの大きいeBiotoolsをインストール。

正常に動作。

そして本命であるPhred, Phrap, Consedのインストールにチャレンジしました。

この辺を大いに参考にさせて頂きました。

Phred/Phrapのインストール

phred/phrap/consedを使う

私はUnixコマンドなんて一つも知らないような状態ですから、大変でした。

大変でしたが、頑張ってインストールしました。

よし、これで動くはずだ。

エラーが出て動かねえorz

上記の説明を読んでも良く分からなかったところをスルーしたからなのか、そうなのか。

へるぷみー。